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做MR离不开UK Biobank,就像亚当兰伯特离不开他的穿戴甲

锦鲤 挑圈联靠
2024-08-23

欢迎来到锦鲤许愿池~锦鲤每周一为大家带来实用科研信息!


本期为大家介绍公共生物医学数据库的“顶流”——UK Biobank,数据总量高,种类多,更新规律,数据清洗分析方便,优点简直够写一首百分百胜率RAP。


那么,它究竟有哪些发生信文章不能错过的数据,更新情况如何,发文情况又如何呢?一起来看看吧!




数据库介绍


UK Biobank是一个大型生物医学数据库、研究资源,生物样本来自50万英国参与者。研究队列几乎保持每年持续更新的步调,2023年,还更新了全基因组测序数据。对于有发布时新型研究文章的需要的朋友们来说,使用UK Biobank是不会让人失望的选择。2024-2025年部分即将更新的数据在官网中已经被列了出来,此处展示预计2024夏更新的数据内容


成像:大脑、心脏和全身磁共振成像,全身骨骼和关节的DEXA扫描,颈动脉超声波。


遗传学:全基因组测序(50w参与者),全外显子组测序(47w参与者),基因分型(80w全基因组变异和9kw个变异的估算)。


健康链接:与广泛的电子健康记录建立联系,包括死亡、癌症、入院和初级保健记录。


生物标志物:30多种关键生化指标数据。


活动检测器:10w参与者为期7天的体力活动数据,对部分参与者进行季节性随访。


在线问卷调查:饮食、食物偏好、工作史、疼痛、认知功能、消化系统健康和心理健康。


重复基线评估:在对10w参与者进行成像评估时进行全面基线评估。


样本:采集所有参与者的血液和尿液,以及10w参与者的唾液。

点击看UK Biobank数据采集



那么,拿到了海量的数据,需要做些什么进行初步的筛选和清洗,定制项目数据集呢?官网也贴心地给出了提示。


浏览:使用这种导航功能,可以通过感兴趣的分层类别和子类被找到感兴趣的数据字段data-field(即变量)。这是最适合大多数希望查找和选择数据的研究人员的工具。


搜索默认搜索是对数据字段名及其注释和数据编码进行文本搜索,允许用户使用基于数据字段类型的特定条件进行搜索,目前没有交叉引用。因此,查找树状结构中可能包含与研究问题相关的数据字段的所有部分很重要。一般不建议依赖搜索工具查找与特定主题相关的所有字段。

点击看数据检索主要方式



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发文情况



根据PubMed检索结果,迄今已有8157篇文章与UK Biobank相关。发文量呈逐年上升趋势,今年即将过半,2024发文量已经达到1382篇。


文章质量上,更是优秀。哪怕仅限定2023年发布的文章,按分数排名也是一路飙红,全是高分精品。是学习思路的好素材,自己发高分的好标杆。更说明用好UK Biobank,高分发文没毛病








点击看UK Biobank优秀文章


我们往期拆解的内容中也包含使用了UK Biobank,做交叉对比和数据验证的文献。详情点击MR-跨人群验证MR-外部验证蛋白质组+scRNAseq+MR


有的朋友可能要问了:UK Biobank虽好,想要做国内健康信息的分析,总不能还使用英国样本吧?


雪球老师在往期直播中,介绍了CLHLS、CHNS、CHARLS等国内优秀数据库,希望能满足你的需求。







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